- Desde 2005 o Instituto Mar adentro tem implementado projetos e os mais importantes foram:
- MUVIMAR – Museu Virtual Marinho (Financiado por recursos próprios)
- InForMar – Revista de divulgação científica (Financiado por recursos próprios)
- Conhecer para Preservar (patrocínio WWF-Brasil e AIEP)
- PROJETO ILHAS DO RIO (Patrocínio da Petrobras até Março de 2020)
- A Batalha da Natureza
- TVMARADENTRO
